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Pholidota (Pangolins)


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PHOLIDOTA (Pangolins)


Manis: 1344-1348 (D),1362 (D), 2688-2697 (I) [3-8]

Manis pentadactyla: 397 (I*), 561 (D*), 619-625 (D*), 652-653 (D*), 763 (D*), 1527 (D), 2842 (D), 3556-3557 (I), 3994 (D) [4-9]

* region not sequenced for M. tricuspis; indels could be on M. pentadactyla branch or Manis branch



Manis tricuspus: 785 (I), 826 (D), 898-915 (D), 917 (D), 1011-1014 (D), 2735-2738 (I), 3491 (D), 3499 (D), 3537-3540 (I), 3945 (I) [10]

ORYCTEROPODIDAE (Aardvark)


Orycteropus: 2649 (I), 3678 (D), 4041 (D) [3]

PILOSA (Sloths and Anteaters)


Pilosa: 2503 (D), 2956-3479 (I*) [2-4]

*numerous indels that are not in multiples of three are nested within this insert



VERMILINGUA (Anteaters)


Vermilingua: 434 (D*), 461 (D*), 1618 (D), 2291 (D), 2837-2841 (D) [3-7]

*region not sequencd for sloths; indels could be in common ancestor of Vermilingua or common ancestor of Pilosa



Cyclopes: 11 (D), 51 (I), 149 (D), 200-201 (D; convergent deletion in Tamandua using deltran reconstruction), 444-445 (D), 489 (I), 612 (I), 616 (D), 622 (D), 870 (D), 1209-1212 (D*), 1288-1300 (D), 1486 (D), 1524 (D), 2272 (D), 2383 (I), 2786 (D), 2807 (D), 2864 (D), 2869-2870 (D) [20]

*four bp deletion that occurs within the 27 bp “Pilosa” insert



Myrmecophagidae (Myrmecophaga + Tamandua): 25 (D), 67 (I), 245 (D), 375-376 (I), 557 (D), 642 (D), 874 (D), 922 (I), 1118-1119 (D), 1340-1346 (D), 2200-2206 (D), 2320-2323 (D), 2382 (D), 2408 (D), 2424 (D), 2552-2553 (D), 2895 (D), 3722 (I*) [17-19]

*not sequenced in this region for Cyclopes; insertion could be in common ancestor of Myrmecophagidae or common ancestor of Vermilingua



Myrmecophaga: 1182 (I), 1407 (I), 2796-2800 (D; spans five bp in alignment, but the deletion is four bp relative to taxa that are in frame), 3674-3684 (D; spans 11 bp in alignment, but the deletion is ten bp relative to taxa that are in frame), 3724 (D), 3742 (D), 3760-3761 (I), 3775-3776 (D), 3870-3880 (D*) [8-9]

*region not sequenced in Tamandua and Cyclopes; deletion could be in ancestor of Myrmecophaga, Myrmecophagidae, or Vermilingua)



Tamandua: 5 (I), 200-201 (D; convergent deletion in Cyclopes based on deltran reconstruction), 2308-2309 (D), 2806-2807 (D), 3577 (I), 3677-3684 (D; spans 8 bp in alignment, but the deletion is seven bp relative to taxa that are in frame), 3701 (I), 3706 (I), 3713 (I), 3716 (I), 3738 (I) [11]

FOLIVORA (Sloths)


Folivora: 1587-1588 (D), 2749-2755 (D), 2799 (I), 2805 (I), 3684 (I), 3883-3884 (I), 3494 (D) [7-12]

Choloepus: 1419 (D*), 1481-1482 (I*), 2913 (D*) [0-5]

*region not sequenced for Bradypus, indels could be in common ancestor of Choloepus or common ancestor of Folivora



Choloepus didactylus: 1541 (I), 2244-2251 (D) [2]

Choloepus hoffmanni: 676 (D*), 943 (D*) [0-2]

*region not sequenced for C. didactylus and Bradypus; indels could be on C. hoffmani branch, in the common ancestor of Choloepus, in common ancestor of Folivora.



Bradypus: 2172-2173 (I), 2836-2837 (D) [2]

CINGULATA (Armadillos)


Euphractus + Chaetophractus: 321-340 (D), 800-801 (I), 923-932 (D), 1072 (D), 1483 (D) [5]

Chaetophractus: 73 (D) [1]

Euphractus: 154 (I) [1]

Tolypeutes: 35 (I*), 652 (D), 696 (D), 1411-1412 (D), 1414 (D), 1589 (D), 3786 (D) [7]

* region sequenced in Chaetophractus but not Euphractus



Dasypus: 4020 (I) [1]

CETACEA (Whales)


Kogia: 2343 (D), 4034-4035 (D) [2]

Kogia simus: 2260-2261 (D) [1]

Eschrichtius: 1243 (D; convergent in Caperea based on deltran reconstruction) [1]

Caperea: 661 (D), 1243 (D; convergent in Eschrichtius based on deltran reconstruction) [2]


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